书院自产生以来的千余年间，一直和士大夫群体有着密切联系。赵连稳承担的国家社科基金项目《明清时期士大夫和书院互动关系》对明清时期两者的关系进行研究，取得了一定成果。

创办书院、兴办教育是中国传统士大夫实现“三不朽”的途径之一，且士大夫拥有知识、功名和社会声望，具有创办书院的实力。士大夫对书院的发展作用体现在创办修缮书院、筹措经费、参与书院管理、营造书院文化和推动书院改革等方面。而书院对士大夫的影响则包括培养士大夫后备人才、培育士大夫价值观、促进所在地区文化氛围建设等。

明代的书院运动是由下层士大夫发起的，主要学说并不同于程朱理学，加之议论朝政，是对当时秩序的一种挑战；清代的书院运动得益于士大夫的倡导，更得益于皇帝的支持，是自上而下的。士大夫在和书院的互动过程中，逐渐认识到书院在人才培养、价值观养成等方面的重要价值，是官学无法替代的；而书院管理者也认识到书院教育要符合统治者的期许，才能得到士大夫尤其是上层士大夫的支持，书院只有和士大夫相向而行，才能获得顺利发展。

明清时期的北方社会和南方社会相比，政府对社会的控制力强弱不一，商品经济发展程度有异，这些在士大夫和南北书院的互动关系方面都有所反映。较北方而言，南方士大夫思想更加开放，书院的改革改制也多发端于江浙、湖广等地。书院和士大夫的互动关系还受到朝廷政治斗争的影响。明朝发生过四次禁毁书院的活动，清代的书院改制也一波三折，这些都与朝政有关。明清时期士大夫和书院在二者互动过程中，关系时好时坏，但总的说来维持了良性互动。