作为中国中世纪以来最负盛名的哲学家，朱熹的学术思想虽然具有较浓的理性主义色彩，不过陈荣捷先生亦曾指出：“朱子实一最虔敬而富有宗教热诚之人”(《朱子之宗教实践》)，其有关鬼神与魂魄大量的或哲理化或神秘主义的理论演绎就是例子。当前学界对朱熹的鬼神观已有较充分的讨论，对其魂魄观念却关注不多。

尽管《论语》里说“子不语怪力乱神”，但据《礼记·中庸》记载，孔子也曾对鬼神的形态、功能等做过较详细的解说：

子曰：“鬼神之为德，其盛矣乎！视之而弗见，听之而弗闻，体物而不可遗。使天下之人齐明盛服，以承祭祀，洋洋乎如在其上，如在其左右。《诗》曰：‘神之格思，不可度思！矧可射思！’夫微之显，诚之不可掩如此夫。”

在孔子看来，鬼神无声无形，人难以耳闻目睹其存在，然而鬼神又随处皆能发显其盛“德”，使天下之人对之祭拜不已。朱熹在《中庸章句》中对孔子所言鬼神的形态与功效评价说：“鬼神无形与声，然物之终始，莫非阴阳合散之所为，是其为物之体，而物所不能遗也。”朱熹认为，自然万物的产生与消亡这一终始过程全由阴阳之气聚散而成；然鬼神乃理气合构所生，是阴阳二气中之灵秀者，因此，世上无一物中无气，亦无一物中无鬼神。对于人而言，“洋洋乎如在其上，如在其左右”的鬼神亦在人体之中，并且是构成人的身形与“思虑营为”功能的主体。《礼记·礼运》道：“故人者，其天地之德，阴阳之交，鬼神之会，五行之秀气也。”朱熹便称赞“人者，鬼神之会”一说“说得好”(《朱子语类》卷八十七)。所以，当门人叶贺孙问：“鬼神便是精神魂魄。如何？”朱熹便回答说：人身的言笑思虑功能与天地自然的风雨雷电等气象变化，都是缘于同样的天地阴阳之气的感应与聚合，这便是鬼神之功。天地宇宙是一个有机整体，人是这一有机体中的重要一分子，在物理构成方面人与天地万物相应相通，鬼神之盛“德”在天地之间和人体之内的运行表现也是一致的，故此人体“内外均无非天地阴阳之气”。而人体中的鬼神又即“精神魂魄”(《朱子语类》卷三)。那么，鬼神与魂魄之间究竟是什么关系呢？朱熹明确指出：“精气就物而言，魂魄就人而言，鬼神离乎人而言。”(《朱子语类》卷六十三)精气为所有事物所共有，因而从本质上说，鬼神与魂魄均为精气之流行；二者的区别则在于：魂魄仅是对应于人而言，鬼神则超越于人，并无专指。

此外，据《礼记·祭义》记载，孔子的弟子宰我问鬼神究竟为何物？孔子答道：“气也者，神之盛也。魄也者，鬼之盛也。”其中的“气”与“魄”，郑玄注曰：“气，谓嘘吸出入者也。耳目之聪明为魄。”(此处的“气”便是魂，而《礼记》中本就有“魂气”一说，如“魂气归于天，形魄归于地”，又曾引孔子之言曰：“若魂气则无不之也，无不之也。”)孔颖达则进一步疏解了上述孔子关于鬼神气(魂)魄的话：

“气，谓嘘吸出入也”者，谓气在口嘘吸出入，此气之体无性识也。但性识依此气而生，有气则有识，无气则无识，则识从气生，性则神出入也。故人之精灵而谓之神。云“耳目聪明为魄”者，魄，体也。若无耳目形体，不得为聪明，故云“耳目聪明为魄”。

在孔氏看来，气本无性与识，但识依此气而生，性是神出入之所由来，气被附上性识之后即“谓之神”；魄指人的耳目手足等知觉运动器官，是人的“聪明”等感觉与思维功能的形质载体，若无其存在，“聪明”也就无从显现，于是“耳目聪明为魄”，为“鬼之盛”者。从此处来看，孔颖达似乎是认为：气(魂)是人的生命产生和延续的基础，是人的精神所凭附之物；魄是人的感官功能所依凭的物质实体，即血肉之躯。

朱熹在此基础上则给予了魂魄的内涵与性质更加清晰合理的说明。他首先肯定气有清浊之分，“清者是气，浊者是形”。而“气是魂，谓之精；血是魄，谓之质。所谓‘精气为物’，须是此两个相交感，便能成物”(《朱子语类》卷八十三)，质也就是形体。魂是清气，魄是浊气，二者交感合构成人的精神与肉体。魂魄之间的联系与区别则表现在：“阴主藏受，阳主运用。凡能记忆，皆魄之所藏受也，至于运用发出来是魂。”魄为阴气，主人的记忆知觉的“藏受”，是记忆知觉的载体；而魂为阳气，是记忆知觉的显发与运用。由此处看，朱熹似乎以魄为体，魂为用，二者乃体用关系。其中，“魂热而魄冷，魂动而魄静”。魂魄一热一冷，一动一静，热冷相济，动静互依，始终维持着一种动态平衡，以保障人体生命特征与各种智识活动的和谐稳定。所以，魂魄不得相离，“二者相离，则不得其和而死矣”(《朱子语类》卷八十七)。

随后朱熹强调道：“大凡说鬼神，皆是通生死而言。”(同上)认为鬼神魂魄之说最终往往就指向了人的生死问题。《周易·系辞上》曾说：“原始反终，故知死生之说。精气为物，游魂为变，是故知鬼神之情状。”认为通过推导人的生死之所由来即可了解何为生死，何为鬼神。朱熹对“精气为物，游魂为变”之说十分认同，如他在《答吕子约》的书信中阐述道：“精，魄也(耳目之精明为魄)，气，魂也(口鼻之嘘吸为魂)，二者合而成物。精虚魄降，则气散魂游而无不之矣。魄为鬼，魂为神。”在他看来，魂魄相合构成人物之生命，气散则魂游于空中，四处飘荡，而魄则沉降于地下，生命随之也就结束，这便是整个生死的基本过程。

总体来看，朱熹对魂魄给予的主要是一种类似于今天生命科学的学理化阐释，其中既有着自先秦以来的朴素的自然哲学思想的影子，也有着朱熹自己的独到认识。有人指出：“鬼神与魂魄一起构成了中国宗教思想的核心”(秦家懿：《朱熹的宗教思想》)，而朱熹对鬼神与魂魄的讨论虽也难免受到宗教神秘思维的影响，但更多的却是体现出了一种理性主义的倾向，似乎很难被称之为完整的成系统的宗教思想。